Co do zasady koszty współpracy ponadnarodowej powinny być ponoszone przez poszczególnych partnerów proporcjonalnie do korzyści, jakie przynosi im współpraca ponadnarodowa. Instytucja Zarządzająca PO KL zaleca stosowanie zasady wzajemności polegającej na tym, że partnerzy ponadnarodowi w równym stopniu korzystają ze współpracy ponadnarodowej. Dlatego też koszty współpracy są dzielone pomiędzy strony umowy partnerskiej zgodnie z założeniem, że każdy z partnerów ponosi swoje koszty w projekcie. Jeżeli poszczególne wydatki wiążą się z realizacją zadania przypisanego do konkretnego partnera, on je finansuje. Zasada wzajemności w najpełniejszy sposób odzwierciedla ideę współpracy ponadnarodowej.
Powyższa zasada, dotyczące ponoszenia kosztów związanych z nawiązaniem współpracy ponadnarodowej przez każdego partnera z własnych źródeł powodują, iż z punktu widzenia projektu PO KL nie ma znaczenia, kto będzie rozliczał koszty po stronie partnera ponadnarodowego, gdyż nie będą one finansowane w ramach polskiego Programu. Zasada ta oznacza również, że nie będzie dochodziło do przepływów finansowych między partnerami bez względu na ich siedzibę.
Ponadto, firma „matka” i „córka” to odrębnie zarejestrowane podmioty, co wykluczałoby możliwość ewentualnego przekazania zadań dotyczących rozliczenia kosztów przez firmę „córkę” w przypadku podpisania umowy przez firmę „matkę”.
